应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型

• 作者: 吴雪琼 张俊仙 张广宇 张洪恩 张琼 李洪敏 梁建琴 邢婉丽 阳幼荣 陆阳
• 来源期刊: 中国现代医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 结核分枝杆菌 利福平 rpoB基因 药物耐受性 DNA芯片
• 年，卷（期）: 2007,（13）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1572-1577
• 页数: 6页
• 分类号: R52
• 字数: 4549字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-8982.2007.13.010

摘要

目的 研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变.方法 根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的片断,与DNA芯片杂交,同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照.结果 240株结核分枝杆菌临床分离株中,55株全敏感株和66株耐其他药物的利福平敏感株的PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同;119株耐RFP临床分离株中DNA芯片杂交有117株检测到rpoB基因突变,其中111株单位点突变,78株为531位密码子TCG→TTG(Ser→Leu)、TCG→TGG(Ser→Trp)和TCG→TAC(Ser→Tyr)突变;24株为526位密码子CAC→TAC(His→Tyr)、CAC→GAC(His→Asp)、CAC→CCC(His→Pro)、CAC→CTC(His→Leu)和CAC→CGC(His→Arg)突变;4株为516位密码子GAC→GTC(Asp→Val)和GAC→GGC(Asp→Gly)突变;3株为533位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为511位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为513位密码子CAA→AAA(Gln→Lys)突变;6株为双位点突变,其中3株511和516位联合突变,2株533和515位联合突变,1株517位密码子CAG→CAC(Gln→His)和518位密码子AAC→GAC(Asn→Asp)联合突变.DNA测序结果与DNA芯片杂交结果完全一致.1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)突变的分离株及1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)和518位AAC-CAC(Asn→His)联合突变的分离株DNA芯片检测阴性,是因为芯片上无相应的探针.结论 用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药.