水稻NBS-LRR基因选择性剪接的全基因组检测及分析

• 作者: 郭荣发 顾连峰
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 农学
• 关键词: 选择性剪接 生物信息学 NBS-LRR同源序列 水稻
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 247-257
• 页数: 11页
• 分类号: S5
• 字数: 613字
• 语种: 中文

摘要

选择性剪接是促进基因组复杂性和蛋白质组多样性的一种主要机制,但是对水稻NBS-LRR序列选择性剪接的全基因组分析却未见报道.通过隐马尔柯夫模型搜索,从TIGR数据库里得到了855条编码NBS-LRR基序的序列.利用这些序列在KOME、TIGR基因索引及UniProt三个数据库中进行同源搜索,获得同源的完整cDNA序列、假设一致性序列和蛋白质序列.再利用Spidey和SIM4程序把完整cDNA序列和假设一致性序列联配到相应的BAC序列上来预测选择性剪接.蛋白质序列和基因组序列之间的联配使用tBLASTn.在这875个NBS-LRR基因中,119个基因具有选择性剪接现象,其中包括71内含子保留,20个外显子跳跃,25个选择性起始,16个选择性终止,12个5'端的选择性剪接和16个3'端选择性剪接.大多数选择性剪接都为两个和多个转录本所支持.可以通过访问http://www.bioinfor.org查询这些数据.进而通过生物信息学分析剪接边界发现外显子跳跃和内含子保留的‘GT…AG'的规则不如组成型的保守.这暗示了它们是通过不同的调控机制来指导剪接变构体的形成.通过分析内含子保留对蛋白质的影响,发现选择性剪接的蛋白更倾向于改变其C端氨基酸序列.最后对选择性剪接的组织分布和蛋白质定位进行分析,结果表明选择性剪接的最大类的组织分布是根和愈伤组织.超过1/3剪接变构体的蛋白质定位是质膜和细胞质.这些选择性剪接蛋白可能在抗病信号转导中起到重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭荣发	广东海洋大学农学院	29	206	9.0	12.0
2	顾连峰	广东海洋大学农学院	1	10	1.0	1.0