嗜热泉生古细菌及其他泉古菌同义密码子使用偏向性分析

• 作者: 孙啸 江澎 陆祖宏
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 密码子使用偏向性 密码子使用相对概率(RSCU) 嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)
• 年，卷（期）: 2007,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 275-284
• 页数: 10页
• 分类号: Q93
• 字数: 586字
• 语种: 中文

摘要

比较分析了嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)和其他两种系统发育相关的泉古菌[嗜气菌(Pyrobaculum aerophilum str.IM2)和嗜硫菌(Sulfolobus acidocaldarius DSM 639)]的同义密码子使用偏向性.结果表明嗜热泉生古细菌(Aeropyrumpernix K1)的密码子偏向性很小,并且与GC3s成高度的相关性.这3种泉古菌的密码子使用模式在进化上很保守.与基因的功能对密码子使用的影响相比,这些泉古菌密码子的使用偏向性更是由其物种所决定的.嗜热泉生古细菌(A.pernix K1),嗜气菌(P. aerophilum str.IM2)和嗜硫菌(S. acidocaldarius DSM 639)生存在不同的极限环境中.推测正是这些极限环境决定了这些泉古菌的密码子使用偏向性模式.此外在这些泉古菌的基因组中并没有发现其正义链和反义链的密码子使用偏向性差别.嗜热泉生古细菌(A.pernix K1)和嗜硫菌(S. acidocaldarius DSM 639)的密码子偏向性程度与基因表达水平有高度的相关性,而嗜气菌(P.aerophilum str.IM2)的基因组并没有发现这种规律.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙啸	东南大学生物科学与医学工程系生物电子学国家重点实验室	71	488	12.0	20.0
2	陆祖宏	东南大学生物科学与医学工程系生物电子学国家重点实验室	166	1602	19.0	33.0
3	江澎	东南大学生物科学与医学工程系生物电子学国家重点实验室	4	18	2.0	4.0