马鹿茸IGF-1基因5'端克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘松财 张明军 张永亮 李敏 赵志辉 郝林琳
• 来源期刊: 畜牧与兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 胰岛素样生长因子-1 启动子 转录因子结合位点 鹿茸
• 年，卷（期）: 2007,（12）
• 所属期刊栏目: 繁殖育种
• 页码范围: 47-49
• 页数: 3页
• 分类号: S86.4
• 字数: 3525字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0529-5130.2007.12.017

摘要

对鹿茸IGF-1 5'端调控序列进行生物信息学分析.提取鲜马鹿茸顶部组织基因组DNA,设计简并引物,利用PCR获得马鹿茸IGF-1 5'端调控序列及部分外显子(命名为CCS1 074),用DNAMAN软件进行CCS1 074与其他种属IGF-1基因的序列同源性分析;使用在线分析程序预测CCS1 074的潜在转录因子结合位点并比较分析鹿茸区别于其他种属IGF-1的特有潜在转录因子,进行TATA box、CpG岛、候选启动子区段及信号肽预测.结果获得了包含部分外显子的鹿茸IGF-1基因5'端(Genbank Accession No.DQ234266);序列同源性分析表明鹿茸IGF-1与牛、羊IGF-1基因5'端存在差异;生物信息学分析表明:在CCS1 074 180～310 base处存在CpG岛,在142～192、238～288、874～924、1 359～1 409 base处可能存在启动子,存在253个潜在的转录因子结合位点;比较发现,ZFSF-ZFS.01和HAND/HAND2_E12.01是鹿茸IGF-1区别于牛、羊、人、猪、家鼠、斑马鱼IGF-1启动子区域的潜在转录因子,这些潜在转录因子与鹿茸生长的关系尚待进一步试验证实;综合分析表明CCS1 074＜1～1 580base为鹿茸IGF-1 5'端区域,1 581～1 966 base为外显子1,1 903～1 966 base为信号肽,1 967～＞2 087 base为内含子1.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵志辉	吉林大学畜牧兽医学院	126	506	10.0	17.0
2	李敏	吉林大学畜牧兽医学院	147	644	12.0	18.0
3	张永亮	吉林大学畜牧兽医学院	33	219	9.0	13.0
7	郝林琳	吉林大学畜牧兽医学院	57	250	8.0	12.0
8	刘松财	吉林大学畜牧兽医学院	68	372	11.0	15.0
9	张明军	吉林大学畜牧兽医学院	23	73	4.0	7.0