提取北方土壤真菌DNA的一种方法

• 作者: 吴敏娜 张惠文 张成刚 李新宇 苏振成
• 来源期刊: 生态学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 真菌 中国北方 28SrDNA DNA提取 多样性 PCR-DGGE
• 年，卷（期）: 2007,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 611-616
• 页数: 6页
• 分类号: Q938.1
• 字数: 4028字
• 语种: 中文

摘要

由于土壤理化性质的复杂性和真菌细胞壁结构的特殊性,从土壤样品中提取真菌基因组DNA比较困难.中国北方土壤与其它地区土壤相比有其自身的特点,因此,有必要优化一种适合于北方土壤真菌DNA提取的方法.本实验向灭菌黑土中分别投加12种在系统分类上差别较大的真菌,以传统土壤总DNA提取方法及纯菌DNA提取方法为基础,分别与蜗牛酶,纤维素酶进行组合、优化,得到7种不同的土壤真菌基因组DNA提取方法.利用真菌28S rDNA通用引物U1/U2-GC PCR-DGGE分析方法分别考察了7种不同方法所提取土壤真菌基因组DNA的多样性和代表性.结果表明:1)液氮研磨,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6 、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用60 min,2% SDS于65 ℃裂解30 min;2)-65 ℃～65 ℃冻融3次,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用180 min,2%SDS于65 ℃裂解30 min的组合具有较好的提取效果.利用后一种方法分别对3种理化性质差异较大的中国北方自然土壤样品真菌DNA进行提取并分析,表明所提取土壤基因组DNA真菌特异性PCR-DGGE图谱条带丰富,该方法可用于多种北方土壤真菌多样性研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张惠文	中国科学院沈阳应用生态研究所	63	1420	20.0	36.0
2	张成刚	中国科学院沈阳应用生态研究所	66	1575	21.0	38.0
3	苏振成	中国科学院沈阳应用生态研究所	24	516	13.0	22.0
4	李新宇	中国科学院沈阳应用生态研究所	23	530	11.0	23.0
5	吴敏娜	中国科学院沈阳应用生态研究所	8	143	6.0	8.0