粪便DNA抽提方法的比较研究

• 作者: 吴仲文 左健 李兰娟 盛吉芳 韩樱 鲁海峰
• 来源期刊: 中华检验医学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 粪便 DNA 聚合酶链反应
• 年，卷（期）: 2007,（1）
• 所属期刊栏目: 基础实验诊断研究
• 页码范围: 67-71
• 页数: 5页
• 分类号: Q5
• 字数: 4738字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:1009-9158.2007.01.023

摘要

目的 比较国际主要微生态实验室4种常用的核酸抽提方法获得的粪便DNA的质量.方法 采用针对目的细菌(总细菌、类杆菌-普氏杆菌属组、双歧杆菌、肠杆菌科细菌及肠球菌)16s rDNA的特异性引物及实时定量PCR方法,分析QIAamp(R)粪便DNA试剂盒法(QIA法)、FastDNA(R) Kit试剂盒法(Fast法)、酚-氯仿-玻璃珠击打法(酚-氯仿-玻珠法)及QIAamp(R) DNA粪便试剂盒+玻璃珠击打法(QIA+玻珠法)4种方法抽提获得的10份人粪便DNA的质与量.结果通用引物特异性扩增粪便总DNA,发现4/10份由酚-氯仿-玻珠法获得的粪便DNA中存在PCR抑制剂,过柱纯化后PCR抑制现象消失.实时定量PCR检测粪便总细菌量,以QIA法与QIA+玻珠法获得的量最高(分别为12.16±0.18,12.05±0.48),而Fast法与酚-氯仿-玻珠法获得的粪便细菌量(分别为11.26±0.40,11.21±0.16)与QIA法相比显著低下(均P＜0.05).采用QIA法(11.63±0.23,8.68±0.51)及QIA+玻珠法(11.67±0.56,8.77±0.56)抽提获得的粪便类杆菌-普氏杆菌及肠杆菌科细菌的DNA量显著高于Fast法(10.67±0.47,7.39±0.51)及酚-氯仿-玻珠法(10.65±0.33,7.40±0.18)(均P＜0.05).对于双歧杆菌,酚-氯仿-玻珠法获得的量显著低下.但对肠球菌而言,以Fast法获得的量最高.结论 实时定量PCR检测结果表明,QIA法及QIA+玻珠法获得的粪便DNA质与量总体上优于Fast法及酚-氯仿-玻珠法,但根据不同的目的细菌群对象可以选择不同的方法.