基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法

• 作者: 严繁妹 张雯 王金华 管乃洋 靳新 骆志刚
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: RNA 二级结构 伪结 协变信息 最小自由能
• 年，卷（期）: 2007,（7）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 889-897
• 页数: 9页
• 分类号: Q3
• 字数: 6298字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-9772.2007.07.018

摘要

多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结.而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多 RNA二级结构预测算法都不能预测伪结.文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法.该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对.测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结.与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆志刚	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	21	149	7.0	12.0
2	王金华	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	3	8	2.0	2.0
3	管乃洋	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	1	3	1.0	1.0
4	严繁妹	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	1	3	1.0	1.0
5	靳新	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	2	5	2.0	2.0
6	张雯	国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室	2	5	2.0	2.0