DNA序列中基于后继数组索引的SATR查找算法

• 作者: 王国仁 王镝 赵毅 陈白尘
• 来源期刊: 东北大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: DNA序列 相似性重复片段 片段相似度 SATR 后继数组
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 信息与控制
• 页码范围: 184-188
• 页数: 5页
• 分类号: TP311
• 字数: 4351字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1005-3026.2007.02.009

摘要

研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similarity based approximate tandem repeats).在进行SATR的查找时,采用了一个轻量级的索引后继数组,并设计出在后继数组上进行SATR查找的算法.实验评估和性能分析表明,基于后继数组的SATR查找算法在查找结果和查找时间上都要优于其他同类方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王国仁	东北大学信息科学与工程学院	228	2804	25.0	45.0
2	王镝	东北大学信息科学与工程学院	9	43	5.0	6.0
3	陈白尘	东北大学信息科学与工程学院	5	25	3.0	5.0
4	赵毅	东北大学信息科学与工程学院	3	19	2.0	3.0