原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟

• 作者: 宫利东 崔宝秋 杨忠志 管清梅 赵东霞
• 来源期刊: 科学通报
• 学科: 化学
• 关键词: ABEEM/MM 浮动电荷模型 BPTI水溶液 均方根位移偏差 径向分布函数
• 年，卷（期）: 2007,（15）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 1739-1742
• 页数: 4页
• 分类号: O6
• 字数: 3495字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074x.2007.15.004

摘要

利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟, 验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性. 结果表明, 对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小, 即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性; 计算得到的径向分布函数表明, ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化, 并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨忠志	辽宁师范大学化学化工学院	148	620	12.0	15.0
2	赵东霞	辽宁师范大学化学化工学院	129	633	14.0	19.0
3	宫利东	辽宁师范大学化学化工学院	46	208	9.0	11.0
4	管清梅	辽宁师范大学化学化工学院	2	18	2.0	2.0
5	崔宝秋	辽宁师范大学化学化工学院	6	46	4.0	6.0