k-长DNA子序列计数算法研究

• 作者: 张鼎兴 王戟 王树林 陈火旺
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: k-长DNA子序列 DNA序列 B树 全基因组
• 年，卷（期）: 2007,（9）
• 所属期刊栏目: 博士论文
• 页码范围: 40-42
• 页数: 3页
• 分类号: TP311
• 字数: 3591字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2007.09.014

摘要

基因组的结构与功能存在密切联系,其功能主要通过DNA子序列来表达,因此研究DNA序列结构对于生物信息学来说具有重要的意义.该文研究了k-长DNA子序列在DNA全序列中出现频数的计数问题,设计并实现了k-长DNA子序列内部计数算法和外部计数算法.该算法通过一个哈希函数把k-长DNA子序列映射为整数关键字从而把k-长DNA子序列出现频数的计数问题转化为整数关键字的重复计数问题,使得能够利用经典B树算法来解决k-长DNA子序列的出现频数计数问题.针对所要解决的问题提出3种改进措施以进一步提高算法的性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王戟	国防科技大学计算机学院	41	880	14.0	29.0
2	陈火旺	国防科技大学计算机学院	56	1155	18.0	33.0
3	王树林	国防科技大学计算机学院	6	104	5.0	6.0
7	张鼎兴	国防科技大学计算机学院	11	139	5.0	11.0