辽宁省99例人类免疫缺陷病毒1感染者gag-pol区基因序列分析

• 作者: 代娣 姜拥军 尚红 张旻 王亚男 韩晓旭
• 来源期刊: 中华医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: HIV-1 基因 序列分析
• 年，卷（期）: 2007,（28）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 1966-1970
• 页数: 5页
• 分类号: R5
• 字数: 4533字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:0376-2491.2007.28.007

摘要

目的 研究辽宁省人类免疫缺陷病毒/艾滋病(HIV/AIDS)患者gag-pol区的基因序列特征.方法 采集辽宁省99例HIV-1感染者外周静脉血,提取前病毒DNA,经巢式PCR方法扩增gag-pol区2.6 kb片段,与HIV S序列数据库中亚型参考序列共同构建系统进化树以区分亚型,并计算gag-pol区不同编码区域的基因离散率和Ks/Ka比值.结果 在辽宁省99例HIV-1感染者中发现A、B'、B、C、G 5种亚型,循环重组型CRF01_AE、CRF03_AB、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC 5种循环重组型和循环重组型间的重组ICR07/08.以B'亚型最多见,其次为CRF01_AE.在gag-pol区内,p17区、p2-p6区基因离散率高于p24区、蛋白酶及逆转录酶编码区.但B亚型p24区基因离散率处于较高水平.CRF07_BC和CRF08_BC在gag-pol各区基因离散率及同义替换、错义替换普遍处于较低水平.各亚型毒株的p2-p6区的Ks/Ka值最低,其均值＜1,而CRF01_AE毒株RT区的Ks/Ka值高达10.45.结论 辽宁省流行的HIV-1 gag-pol区亚型十分复杂.p24、蛋白酶及逆转录酶编码区是更为保守的区域.B亚型毒株的p24区承受较大的正向选择压力,CRF01_AE毒株RT区承受了较大的负向选择压力.CRF07_BC和CRF08_BC传入辽宁省的时间较短,奠基者效应明显.