基于序列结构信息的多序列比对算法

• 作者: 张永 李其申 江泽涛 蔡虹
• 来源期刊: 科技与创新
• 关键词: 生物信息学 多序列比对 序列结构信息
• 年，卷（期）: 2007,（21）
• 所属期刊栏目: 软件时空
• 页码范围: 240-242
• 页数: 3页
• 分类号: TP301
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-0570.2007.21.098

摘要

在介绍生物信息学中多序列比对定义和原理的基础上,给出了序列结构信息集的表示形式和基于序列结构信息的度量函数,该函数只与参加比对序列自身信息有关,不受主观因素的影响,能更客观、有效地反映生物序列之间的进化距离.通过利用该函数计算序列间的进化距离,在渐进比对的基础上,采用迭代策略,不断修正指导树,进而提高比对的准确性,避免了局部最优问题.最后,通过实验模拟,本算法在保证不提高计算时间复杂度的基础上,提高了序列比对的准确性,同时也很好地反映了生物学意义.