食管癌相关功能未知基因的电子克隆延伸与ncRNA的发现

• 作者: 吴炳礼 应晓敏 李伍举 李恩民 牛永东 许丽艳
• 来源期刊: 癌变·畸变·突变
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 序列分析 非编码RNA 电子克隆
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 85-88
• 页数: 4页
• 分类号: R818.03
• 字数: 2016字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-616X.2008.02.002

摘要

背景与目的:运用电子克隆等生物信息学方法研究筛查出的镐个与食管癌相关功能未知的DNA序列片段,为食管癌相关研究提供指导.材料与方法:以48个DNA序列片段为核心,运用BioEdit建立本地数据库;通过电子克隆的方法对48个DNA序列中功能未知的基因片段进行序列延伸;通过BLAST同源分析搜索48个基因的内含子以及上下游基因间隔区中存在的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA).结果:48个DNA序列中功能未知的基因片段通过电子克隆的方法平均能够延伸190 bp以上;在48个基因的内含子以及上下游基因间隔区存在着与已知ncRNA相似性很高的片段.结论:运用电子克隆的方法可以使某些食管癌相关功能未知基因的序列得以明显延伸;一些食管癌相关基因所在的染色体区段存在着某些与ncRNA高度相似的片段,这提示我们,ncRNA可能参与食管癌的发生过程,其具体功能有待深入研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许丽艳	汕头大学医学院肿瘤病理研究室	76	528	13.0	19.0
2	李恩民	汕头大学医学院生化与分子生物学教研室	77	510	12.0	18.0
3	李伍举	军事医学科学院基础医学研究所	19	164	5.0	12.0
4	牛永东	汕头大学医学院生化与分子生物学教研室	18	140	8.0	11.0
5	应晓敏	军事医学科学院基础医学研究所	14	100	3.0	9.0
6	吴炳礼	汕头大学医学院生化与分子生物学教研室	7	41	3.0	6.0