两种快速的密码子检索方法

• 作者: 刘雄恩 张文娟 钟扬
• 来源期刊: 复旦学报（自然科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 密码子 翻译 检索表 分块检索 哈希表
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 页码范围: 336-340
• 页数: 5页
• 分类号: R857.3
• 字数: 2974字
• 语种: 中文

摘要

许多生物信息学软件涉及将核苷酸序列翻译成对应的氨基酸序列的操作.密码子检索表的结构及检索算法强烈地影响蛋白质翻译的速度.本文提出了2种快速的密码子检索方法.一是平均检索长度约为7,最大检索长度为9的分块检索;二是没有空间冗余和地址冲突的哈希表检索,其平均检索长度和最大检索长度均为3.对几种密码子检索方法的检索效率进行比较,结果表明哈希表的检索速度最快.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	钟扬	复旦大学生命科学学院	45	771	13.0	27.0
2	刘雄恩	福建农林大学计算机与信息学院	11	34	4.0	5.0
3	张文娟	复旦大学生命科学学院	4	16	3.0	4.0