Pathway Tools可视化分析水稻基因表达谱

• 作者: 吴祖建 张晓婷 林奇英 谢联辉 谢荔岩
• 来源期刊: 激光生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 水稻 基因表达谱 代谢途径分析 RiceCye数据库 Pathway Tools
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 371-377
• 页数: 7页
• 分类号: Q786
• 字数: 5174字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-7146.2008.03.017

摘要

后基因组时代的到来使基因转录组学、蛋白质组学和代谢组学等高通量、多层次的生物研究手段广泛应用于植物科学研究,从海量数据中有效挖掘必要的生物信息成为当今组学研究的瓶颈问题.RiceCyc(http://www.gramene.ors/pathway/)及其核心软件Pathway Tools是水稻代谢途径分析的有效工具.通过搜索TIGR(ht-tp://www.tigr.ors/tdb/e2k1/osal/)数据库.用Pathway Tools软件的omics viewer工具将耐盐品种FL478和其不耐盐亲本IR29在盐处理条件相对对照条件下的110个差异表达基因可视化展示在包含362条代谢途径信息的RiceCyc细胞代谢图上,从整体水平上分析了二者对盐胁迫反应的不同.结果表明,在相同的盐胁迫条件下,FL478相对IR29反应明显较快,前者中被诱导的代谢途径主要是能量循环过程如磷酸戊糖途径、糖酵解和三羧酸循环(TCA循环),以及核糖的分解、碳水化合物的利用途径;而后者中表达出现差异的基因主要涉及植物激素的生物合成,细胞结构组分代谢及次级代谢等途径;类黄酮合成途径在IR29中被明显诱导而在FL478中没有变化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张晓婷	福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室	14	108	7.0	10.0
3	林奇英	福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室	152	2641	29.0	42.0
4	吴祖建	福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室	166	2128	26.0	36.0
5	谢荔岩	福建农林大学植物病毒研究所福建省植物病毒学重点实验室	45	610	17.0	23.0