雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较

• 作者: 杜雄明 董薇 赖童飞
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 雷蒙德氏棉 亚洲棉 EST拼接 SSR丰度
• 年，卷（期）: 2008,（6）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 418-424
• 页数: 7页
• 分类号: S562.024
• 字数: 5331字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-7807.2008.06.004

摘要

利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii L.)的EST序列共计64.08 Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异.结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同.因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异.对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖童飞	中国农业科学院棉花研究所农业部棉花遗传改良重点开放实验室	3	23	3.0	3.0
2	杜雄明	中国农业科学院棉花研究所农业部棉花遗传改良重点开放实验室	57	1053	18.0	31.0
3	董薇	中国农业科学院棉花研究所农业部棉花遗传改良重点开放实验室	6	29	3.0	5.0