BioSeg:一个生物序列数据模型

• 作者: 朱扬勇 熊赟
• 来源期刊: 计算机科学与探索
• 学科: 工学
• 关键词: 生物序列 数据库管理系统 数据模型 生物信息学
• 年，卷（期）: 2008,（1）
• 所属期刊栏目: 学术研究
• 页码范围: 77-96
• 页数: 20页
• 分类号: TP311
• 字数: 20445字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1673-9418.2008.01.006

摘要

生物序列数据的表达和存储是生物序列数据处理的关键.当前的数据库管理系统不能有效地支持生物序列数据类型和操作,人们不得不用文本数据类型或直接使用文本文件存储生物序列数据.这种状况造成了生物序列比对、模式发现等数据处理的低效率.研究了生物序列数据的特征,分析并归纳了用户对生物序列数据的查询需求,提出了一个新的生物序列数据模型BioSeg.BioSeg模型由描述部分和多维数组组成,描述部分表示生物序列注释和其他相关信息,多维数组表示具体序列(如DNA序列"ATCCCGTA").BioSeg模型提供了实现生物序列数据查询的代数操作.相对于生物序列数据的文本存储方式,BioSeg模型提供的数据查询具有良好的效率和灵活性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱扬勇	复旦大学计算机与信息技术系	91	3435	25.0	58.0
5	熊赟	复旦大学计算机与信息技术系	26	277	7.0	16.0