基于离散增量结合支持向量机方法的果蝇启动子预测

• 作者: 杨科利 许强
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: 启动子 位置权重矩阵(PWM) 支持向量机 信号参数\内容参数.
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 39-42
• 页数: 4页
• 分类号: Q61
• 字数: 3321字
• 语种: 中文

摘要

目的:改进真核生物启动子的理论预测方法.方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量机对果蝇启动子进行预测.结果:利用self-consislency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明五种转录因子结合位点的预测成功率均超过91%.结论:结果显示结合了支持向量机的离散增量算法能够有效的提高预测成功率,是进行真核生物启动子预测的一种很有效的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许强	宝鸡文理学院物理系	32	90	5.0	8.0
2	杨科利	宝鸡文理学院物理系	11	29	4.0	5.0