基于序列拓扑和二阶隐马尔可夫模型的跨膜蛋白亚细胞定位预测

• 作者: 王正志 邹凌云 黄教民
• 来源期刊: 激光生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 跨膜蛋白 亚细胞定位 二阶隐马尔可夫模型 Baum-Welch算法
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 143-148
• 页数: 6页
• 分类号: Q617
• 字数: 4425字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-7146.2008.02.001

摘要

现有蛋白质亚细胞定位方法针对水溶性蛋白质而设计,对跨膜蛋白并不适用.而专门的跨膜拓扑预测器,又不是为亚细胞定位而设计的.文章改进了跨膜拓扑预测器TMPHMMLoc的模型结构,设计了一个新的二阶隐马尔可夫模型;采用推广到二阶模型的Baum-Welch算法估计模型参数,并把将各个亚细胞位置建立的模型整合为一个预测器.数据集上测试结果表明,此方法性能显著优于针对可溶性蛋白设计的支持向量机方法和模糊k最邻近方法,也优于TMPHMMLoc中提出的隐马尔可夫模型方法,是一个有效的跨膜蛋白亚细胞定位预测方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王正志	国防科技大学机电工程与自动化学院自动化研究所	85	629	13.0	20.0
2	邹凌云	国防科技大学机电工程与自动化学院自动化研究所	6	21	2.0	4.0
3	黄教民	国防科技大学机电工程与自动化学院自动化研究所	7	56	4.0	7.0