花生EST资源的SSR信息分析

• 作者: 孙萍 柳展基 步迅
• 来源期刊: 花生学报
• 学科: 农学
• 关键词: 花生 EST SSR 频率 特性
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告与简报
• 页码范围: 6-11
• 页数: 6页
• 分类号: S565.2|Q78
• 字数: 3001字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-4093.2008.04.002

摘要

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中.为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST 8391条.在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%.这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb.在1～6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%).AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%.本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	柳展基	山东省农科院高新技术研究中心山东省作物与畜禽品质改良生物技术重点实验室	12	220	6.0	12.0
2	孙萍	山东省农科院高新技术研究中心山东省作物与畜禽品质改良生物技术重点实验室	2	27	2.0	2.0
3	步迅	山东省农科院高新技术研究中心山东省作物与畜禽品质改良生物技术重点实验室	2	25	2.0	2.0