黑斑狗鱼部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选

• 作者: 冯志纲 孙效文 李大宇 李婵 殷倩茜 王洪哲
• 来源期刊: 动物学研究
• 学科: 农学
• 关键词: 黑斑狗鱼 微卫星 磁珠富集
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 所属期刊栏目: 分子生物学与进化
• 页码范围: 245-252
• 页数: 8页
• 分类号: Q959.4|Q751|S917
• 字数: 939字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0254-5853.2008.03.003

摘要

采用磁珠富集与放射性杂交相结合的方法开发黑斑狗鱼(Esox reieherti Dybowski)基因组微卫星资源.基因组DNA经Sau 3A Ⅰ限制性内切酶消化后,选取400-900bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)12、 (GA)12探针进行微卫星片段的富集.将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P标记的放射性同位素探针进行第二次杂交.结果,共获得微卫星基因组文库1600个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为90.91%;杂交后得到的阳性克隆为1300个,占87.25%.从中挑出196个进行测序,192(97.96%)个含有微卫星序列.在得到的微卫星序列中,重复单元除CA/GT、 GA/CT外,还观察到单碱基、四碱基、五碱基重复单元.根据侧翼序列应用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物70对,选择合成32对,通过优化PCR反应条件,结果有28对引物可扩增出清晰可重复的目的条带.本研究旨在对黑斑狗鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为黑斑狗鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等奠定基础.