肽质量指纹谱鉴定蛋白质时生物信息学分析条件的优化

• 作者: 夏永鹏 彭咏波 邱宗荫 马永平
• 来源期刊: 分析化学
• 学科: 化学
• 关键词: 激光辅助解析/飞行时间质谱 肽质量指纹谱搜索 蛋白质
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 467-472
• 页数: 6页
• 分类号: O6
• 字数: 4155字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-3820.2008.04.009

摘要

为了优化肽质量指纹谱(peptide mass fingerprint, PMF)鉴定蛋白质的生物信息学分析条件.将牛碳酸酐酶2(carbonic anhydrase-2,CAH2)和人热休克蛋白70s(Hsp70s)进行2-DE分离、酶解,肽段经过MALDI-TOF MS分析得到PMF数据.选择Swissprot、MSDB、NCBInr、Random等数据库和MASCOT与MS-Fit搜索引擎,以牛CAH2为模型优化搜索参数,结果表明:Swissprot是适合做蛋白PMF分析的数据库;主要参数最佳设置为:漏切位点数为1个,肽质量容错数为±1 Da,同时肽质量类型选择平均分子质量比单同位素质量更便于候选蛋白的筛选.最后用人Hsp70s蛋白的PMF数据检验优化条件,结果表明,所选择的数据库及参数是可靠的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邱宗荫	重庆医科大学药学院药物分析教研室	140	1283	18.0	27.0
2	马永平	重庆医科大学生物化学与分子生物学教研室	35	170	6.0	10.0
3	夏永鹏	重庆医科大学药学院药物分析教研室	26	224	8.0	14.0
5	彭咏波	重庆医科大学药学院药物分析教研室	9	34	4.0	5.0