一种基于最优局部信息融合的蛋白质亚细胞定位预测方法

• 作者: 何建国 张树波 赖剑煌
• 来源期刊: 中山大学学报(自然科学版)
• 学科: 工学
• 关键词: 亚细胞定位 N端分选信号 成熟蛋白质 支持向量机 分割位点
• 年，卷（期）: 2008,（6）
• 页码范围: 16-21
• 页数: 6页
• 分类号: TP391.4
• 字数: 5563字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0529-6579.2008.06.005

摘要

基于蛋白质的合成及分选机制,提出了一种新的蛋白质亚细胞定位预测方法.先采用遍历搜索技术,找出各种亚细胞蛋白质序列分选信号和成熟蛋白质之间的最佳分割位点,把蛋白质序列分为两条子序列,计算这两条子序列中的氨基酸组份并将它们融合起来作为整条蛋白质序列的特征,然后构造用于识别每类蛋白质的最佳子分类器,再根据最大化原则组建集成分类器.在NNPSL数据集上,采用5重交叉验证方法对本文方法进行测试,原核和真核两个蛋白质序列子集分别取得94.1%和87.5%的总体预测精度.同时,此方法在一些蛋白质序列中找到的分割位点与真实生物现象相吻合,能为预测蛋白质序列的剪切位点提供参考信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何建国	中山大学生命科学技术学院	127	2323	26.0	41.0
2	赖剑煌	中山大学信息技术与科学学院	41	804	15.0	28.0
3	张树波	中山大学数学与计算科学学院	6	178	5.0	6.0