国内新型鸭肝炎病毒基因组3'末端的序列特点

• 作者: 付余 张大丙 徐永亮 杨汉春 潘梦 王笑言
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭肝炎病毒 新血清型 基因型 3D基因 3'非翻译区
• 年，卷（期）: 2008,（4）
• 所属期刊栏目: 农业科学
• 页码范围: 65-70
• 页数: 6页
• 分类号: S852.65
• 字数: 4018字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1007-4333.2008.04.012

摘要

为揭示国内新型鸭肝炎病毒(DHV)基因组3'末端的序列特点,用3'RACE和RT-PCR克隆DHV分离株C-GY株的基因组3'末端序列,并以GenBank中已知全序列的22株DHV作为参照,进行比较分析.结果表明,C_GY株基因组3'末端包含1 359 nt的3D、终止密码子TAA、366 nt的3'UTR和15 nt的poly(A).与其他DHV相同之处:C-GY的3D蛋白含453个氨基酸,亦包含小RNA病毒RNA聚合酶的5个特征基序.C-GY的3'UTR长度与台湾新型DHV相同,仅比韩国新型缺少1个C,但比DHV血清1型(DHV-1)长52 nt.分析3D和3'UTR核苷酸序列,可见C-GY与16株DHV-1之间同源性为75%～77%和66%～68%、与2株台湾新型DHV之间为80%和91%、与4株韩国新型之间为96%～97%和96%～97%,表明C-GY与韩国新型DHV具有相近的遗传关系,C-GY株与本实验中参考DHV属于小RNA病毒科的同一个未命名的新属,而且C-GY属于DHV的基因C型,也说明新型DHV与DHV-1的基因组3'末端存在较高的序列变异性.