基因组寡聚核苷酸频率组分差异的进化信息

• 作者: 张尚宏 文明 熊远妍 王军鹏 蓝一杰
• 来源期刊: 中山大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因组全序列 寡聚核苷酸 频率 系统树 信息分析 数据发掘 生物信息学
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 页码范围: 84-88
• 页数: 5页
• 分类号: Q754
• 字数: 3673字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0529-6579.2008.02.020

摘要

利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围.在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核苷酸组分的保守性构建权重矩阵,对寡聚核苷酸组分差异加权,并尝试用绝对值距离、Lance距离、欧氏距离三种方法计算距离矩阵,再用距离法构建系统树.结果显示,该方法对科以下分类单位的建树与传统方法的建树基本一致,而对科以上的分类单位较难区分.首次利用寡聚核苷酸频率保守性进行加权,通过非比对的算法用基因组全序列建树.