用生物信息学方法确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域

• 作者: 万祥辉 曾照芳 杨细媚
• 来源期刊: 生物技术通报
• 学科: 医学
• 关键词: 丙型肝炎病毒 基因型 NS5B蛋白 生物信息学
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 81-83
• 页数: 3页
• 分类号: R5
• 字数: 1572字
• 语种: 中文

摘要

从Genbank中筛选出15条对各成熟肽区域有分别对5'UTR区,core区,E1区,E2区及NS5B区建系统进化树.结果发现以5'UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较.结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.用生物信息学方法,比较丙型肝炎病毒的5个常用的基因分型区域,确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.