人类蛋白编码基因局部GC水平相关性分析

• 作者: 杨潇 胡军 陈祥贵
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 医学
• 关键词: 局部GC含量 相关 人类蛋白编码基因
• 年，卷（期）: 2008,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1169-1174
• 页数: 6页
• 分类号: R3
• 字数: 4703字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-9772.2008.09.012

摘要

GC含量是基因组DNA序列碱基组成的重要特征,蕴涵基因结构、功能和进化信息.文中通过从公共数据库提取7 992个非冗余的人类蛋白质编码基因DNA序列,分析了基因序列不同区域的局部GC含量和相关性.结果表明:基因局部GC含量呈现不均一性,5'非翻译区GC水平最高,为62.56%:而3'非翻译区GC水平最低,为43.97%.3'侧翼序列的GC含量能较好地代表基因所在区域DNA长片段的GC水平.虽然开放阅读框的GC含量比内含子、3'非翻译区和3'侧翼序列的GC含量高,但4个区域的GC含量之间均存在较高的相关性.密码子第三位置的平均GC含量(GC3)为58.09%,显著高于密码子第一位置和第二位置的GC含量,且与开放阅读框的GC水平高度相关,相关系数高达0.91.GC3与内含子、3'非翻译区,3'侧翼序列的GC水平相关性也较高,GC3对3'侧翼序列的GC含量的直线回归斜率为1.25.因此,GC3可作为基因所在区域GC水平变化的敏感性指标.而密码子第一位置和第二位置以及5'侧翼序列和5'非翻译区GC水平与基因其他区域的GC水平的相关性较弱.该研究结果提示:基因蛋白编码区密码子第三位置、内含子、3'非翻译区和3'侧翼序列的碱基可能经历了相近的进化过程,而蛋白编码区密码子第一位置和第二位置,5'侧翼序列和5'非翻译区由于功能的需要而经历了不同的突变和选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈祥贵	西华大学生物工程学院	80	467	14.0	18.0
2	胡军	西华大学生物工程学院	14	92	6.0	9.0
3	杨潇	西华大学生物工程学院	46	222	8.0	12.0