基于EST信息的百合SSR标记的建立

• 作者: 刘春 明军 李名扬 杨素丽 穆鼎
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 百合 EST SSR 引物设计
• 年，卷（期）: 2008,（7）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 1069-1074
• 页数: 6页
• 分类号: S682.2
• 字数: 2650字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0513-353X.2008.07.020

摘要

依据已知的百合EST(expressed sequence tags)序列信息,开发新的SSR(simple sequence repeats)标记,在NCBI的EST数据库1 688条EST中检索到98条含有101个SSR的序列, SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%.EST-SSR的重复基元共搜索到47种,其中三核苷酸重复基元类型最为丰富,大约占重复基元类型总数的一半.利用部分EST-SSRs序列共设计23对SSR引物,以铁炮百合'Snow Queen' DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%.本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘春	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	53	1027	17.0	31.0
2	穆鼎	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	23	782	14.0	23.0
3	明军	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	41	1002	16.0	31.0
4	李名扬	西南大学园艺园林学院	88	1005	19.0	26.0
5	杨素丽	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	2	72	2.0	2.0