应用优化的隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构

• 作者: 杨惠云 杨晶 田心 石鸥燕
• 来源期刊: 高技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质二级结构预测 隐马尔可夫模型(HMM) 7-状态 15-状态
• 年，卷（期）: 2008,（7）
• 所属期刊栏目: 资源环境与生物技术
• 页码范围: 738-742
• 页数: 5页
• 分类号: Q5
• 字数: 3774字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3772/j.issn.1002-0470.2008.07.015

摘要

针对3-状态隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质二级结构准确率不高的问题,提出了7-状态和15-状态HMM.研究对象为CB513数据集合中筛选出的492条蛋白质序列,将其随机均分7组.分别应用7-状态和15-状态HMM对以上数据集进行二级结构预测,对预测准确率进行了7-交叉验证,并将预测结果与应用3-状态HMM的预测结果进行了比较.结果表明,应用7-状态HMM,Q3准确率提高3.11%,SOV提高6.15%,QE提高6.49%;应用15.状态HMM,QE比7-状态HMM又提高5.74%.在15-状态:HMM预测中加入序列的同源信息后,Q3准确率比单序列15-状态HMM增加8.76%.结果表明,7-状态HMM预测能力优于3-状态HMM,15-状态HMM总体预测能力和7-状态HMM相当,但β折叠预测能力强于7-状态HMM.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田心	天津医科大学生物医学工程系	83	522	10.0	18.0
2	杨晶	天津医科大学基础医学院	34	217	8.0	13.0
3	石鸥燕	天津医科大学生物医学工程系	18	48	4.0	5.0
7	杨惠云	天津医科大学生物医学工程系	8	19	3.0	3.0