结合位点进化距离与支持向量机的蛋白质分类方法

• 作者: 刘志勇 张法 李玉岗
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 内核 位点进化距离 支持向量机 蛋白质结构分类数据库
• 年，卷（期）: 2008,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 43-50
• 页数: 8页
• 分类号: TP18
• 字数: 7076字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0254-4164.2008.01.005

摘要

生物信息学的一个关键的研究课题是理解细胞的分子机制,这依赖于对基因所决定的每一条蛋白质的含义或者功能的理解.一般通过与一条或多条功能已知的蛋白质的相似性比较来推测未知蛋白质的功能,其中,基于支持向量机的一些算法取得了很好的成果.SVM-pairwise算法是当前最好的基于支持向量机的算法中的一个,该方法利用两条序列的相似性来将蛋白质序列转化为固定长度的向量.文中提出了一种新的利用支持向量机算法对蛋白质序列进行分类的方法,这种方法使用位点进化距离代替两条序列的比对得分,该方法比SVM-pairwise有着显著的改善,在蛋白质结构分类数据库(SCOP)上进行的实验表明,该方法具有比SVM-pairwise更好的分类性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘志勇	中国科学院计算技术研究所	48	393	11.0	18.0
2	张法	中国科学院计算技术研究所	15	156	5.0	12.0
3	李玉岗	北京理工大学计算机科学技术学院智能信息技术北京市重点实验室	2	16	1.0	2.0