关于Mapmaker/Exp遗传作图中标记分群和排序操作技术的讨论

• 作者: 盖钧镒 赵团结 邢光南
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: Mapmaker/Exp(3.0) 遗传连锁图谱 作图技术 标记分群 标记排序
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 217-223
• 页数: 7页
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0496-3490.2008.02.007

摘要

Mapmaker/Exp(3.0)是国内外广泛使用的遗传连锁数据分析软件,在分子标记数量大时(多于500个)往往出现所绘制连锁图谱图距偏大的现象.本文从标记分群和标记排序两个遗传作图环节分析原因并概括出以下两个实施要点:(1)标记分群不应强求同一LOD值,对特殊的连锁群可试用不同LOD值;(2)在标记排序时,一次order命令后用ripple命令反复梳理有时并不能获得最佳排列顺序,而应多次使用order,每次order后用ripple反复梳理,经反复比较才能得出最佳排列顺序,必要时还须结合人工调整.通过大豆遗传作图实例比较了软件推荐思路2的通常用法和作者建议的新用法所构建的遗传图谱及相应QTL定位的差异,认为新用法具有更好的效果.