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应用SELDI-TOF-MS技术建立卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断的血浆蛋白质组学模型
应用SELDI-TOF-MS技术建立卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断的血浆蛋白质组学模型
作者:
张小为
张璐芳
熊光武
王静
葛晓慧
郭红燕
韩劲松
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
卵巢肿瘤
诊断
蛋白质陈列分析
光谱分析,质量
支持向量机
摘要:
目的:通过蛋白质芯片-质谱技术结合生物信息学的支持向量机方法,筛选卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者差异表达的蛋白质峰,探讨建立数学逻辑的卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断模型及其意义.方法:采用表面增强激光解离飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术,运用CM10蛋白质芯片(一种弱阳离子芯片)分别检测26例卵巢浆液性乳头状囊腺癌和51例对照组(其中卵巢囊肿12例、子宫肌瘤31例、卵巢良性囊腺瘤8例)的血浆标本,对所得到的质谱数据采用Biomarker Wizard软件分析,初步筛选蛋白质峰,结合生物信息学的支持向量机(support vector machines,SVM)方法建立并测试卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者以及对照组的血浆蛋白质谱诊断模型.结果:应用SELDI-TOF-MS在CM10芯片上捕获到的蛋白质,经过Biomarker Wizard软件分析筛选出了卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者与对照组的71个差异蛋白质峰(P<0.01),利用SVM方法再次筛选获得7个蛋白质峰组成卵巢浆液性乳头状囊腺癌的蛋白质谱最优化模型,这7个蛋白质中质荷比(m/z)为4 099、4 477、4 123、4 081和3 938的表达上调,质荷比(m/z)为8 785和13 783的表达下降.经三倍交叉验证后用盲法测定,所建模型用于卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者与对照组鉴别的敏感度和特异度分别为84.62%和96.08%,阳性预测值为92.21%.结论:蛋白质芯片.质谱技术可以快速、有效地筛选出卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者血浆差异蛋白质,结合SVM可建立有效的蛋白质质谱诊断模型,对卵巢癌诊断方法的建立具有潜在意义.
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文献信息
篇名
应用SELDI-TOF-MS技术建立卵巢浆液性乳头状囊腺癌诊断的血浆蛋白质组学模型
来源期刊
肿瘤
学科
医学
关键词
卵巢肿瘤
诊断
蛋白质陈列分析
光谱分析,质量
支持向量机
年,卷(期)
2008,(4)
所属期刊栏目
临床研究
研究方向
页码范围
338-341
页数
4页
分类号
R737.31|R730.43
字数
4181字
语种
中文
DOI
10.3781/j.issn.1000-7431.2008.04.016
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
郭红燕
北京大学第三医院妇产科
100
865
17.0
24.0
2
熊光武
北京大学第三医院妇产科
45
391
10.0
18.0
3
韩劲松
北京大学第三医院妇产科
90
834
16.0
25.0
4
张璐芳
北京大学第三医院妇产科
55
394
10.0
18.0
5
王静
北京大学第三医院妇产科
107
1046
17.0
28.0
6
张小为
北京大学第三医院妇产科
71
324
9.0
15.0
7
葛晓慧
北京大学第三医院妇产科
2
8
2.0
2.0
传播情况
被引次数趋势
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献
(12)
共引文献
(47)
参考文献
(11)
节点文献
引证文献
(4)
同被引文献
(5)
二级引证文献
(0)
1994(1)
参考文献(0)
二级参考文献(1)
1995(1)
参考文献(0)
二级参考文献(1)
1999(1)
参考文献(0)
二级参考文献(1)
2000(1)
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2001(3)
参考文献(1)
二级参考文献(2)
2002(3)
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二级参考文献(1)
2003(9)
参考文献(4)
二级参考文献(5)
2004(2)
参考文献(2)
二级参考文献(0)
2005(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2007(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2008(0)
参考文献(0)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
2010(4)
引证文献(4)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
卵巢肿瘤
诊断
蛋白质陈列分析
光谱分析,质量
支持向量机
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
肿瘤
主办单位:
上海市肿瘤研究所
上海交通大学医学院附属仁济医院
出版周期:
月刊
ISSN:
1000-7431
CN:
31-1372/R
开本:
大16开
出版地:
上海市斜土路2200弄25号
邮发代号:
4-289
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
4424
总下载数(次)
6
总被引数(次)
33137
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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