基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析

• 作者: 梁俊毅 陈启龙
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: SOX蛋白 MATLAB 同源建模 三级结构 东北虎
• 年，卷（期）: 2008,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 997-1002
• 页数: 6页
• 分类号: Q959.838|Q956
• 语种: 中文

摘要

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域.为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinfonnatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构.结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈启龙	上海大学电子生物技术研究中心	9	74	6.0	8.0
5	梁俊毅	南京大学物理系	1	0	0.0	0.0