芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究

• 作者: 张天真 张海洋 郑永战 郭旺珍 魏利斌
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 芝麻 表达序列标签(EST) 简单重复序列(SSR) 多态信息含量(PIC) 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2008,（12）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 2077-2084
• 页数: 8页
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3721/SP.j.1006.2008.02077

摘要

为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequence tags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究. 在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列.其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR.非冗余EST序列总长为774.27 kb,平均每4.99 kb含有一个EST-SSR.EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%.利用这些序列,设计开发了50对ESToSSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究.其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390.根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(Ⅲ和Ⅳ)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系.此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增.本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭旺珍	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	78	2539	30.0	48.0
2	张天真	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	119	3890	35.0	58.0
3	张海洋		59	565	11.0	20.0
4	郑永战		50	563	12.0	22.0
5	魏利斌	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	5	180	5.0	5.0