分子动力学模拟计算在通用图形处理芯片上的实现

• 作者: 宋国梁 李振华 王文宁 翁经纬 范康年
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 分子动力学 图形处理芯片 CHARMM Windows computer cIuster server
• 年，卷（期）: 2008,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2425-2429
• 页数: 5页
• 分类号: O641
• 字数: 3735字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0251-0790.2008.12.019

摘要

将在计算生物分子中广泛应用的CHARMM力场应用于Windows computer server(WCCS)环境下,并实现了该力场及分子动力学模拟程序的通用显卡(GPU)并行计算.对一些多肽链的动力学模拟结果显示,与CPU计算相比,GPU计算在计算速度上有巨大的提升.与64位Athlon 2.0G相比,在NVIDIA Ge-Force 8800GT显卡上的动力学模拟速度提高了至少10倍,而且这个效率比会随着模拟体系及每块尺寸的增大而增大.模拟体系的增大使得GPU并行单元的计算空载相对减少,块尺寸的增大使缓存区尺寸相对减少,单块计算效率得以提高.在测试样本中,该效率比最高可达到28倍以上.利用GPU计算还对一条含有397个原子的多肽链进行了分子动力学模拟,给出了氢键分布随时间的变化结果.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范康年	复旦大学化学系	66	532	13.0	20.0
2	王文宁	复旦大学化学系	4	49	4.0	4.0
3	李振华	复旦大学化学系	5	17	3.0	4.0
4	宋国梁	复旦大学化学系	1	7	1.0	1.0
5	翁经纬	复旦大学化学系	1	7	1.0	1.0