锯缘青蟹性腺发育与性别分化相关组织混合线性化cDNA文库构建及EST初步分析

• 作者: 张子平 林鹏 王淑红 王艺磊 贾锡伟 邹志华 陈锦民
• 来源期刊: 热带海洋学报
• 关键词: 锯缘青蟹Scylla serrata 线性化cDNA义库 性腺发育 性别分化 EST
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 海洋生物学
• 页码范围: 88-94
• 页数: 7页
• 分类号: Q752
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-5470.2009.06.012

摘要

分别提取锯缘青蟹Scylla serrcg"卵巢、精巢、眼柄、促雄腺的总RNA,等量混合后经oligotex试剂分离mRNA,利用SMART(Switch inechanisms at the 5'end of RNA transcript)技术及DSN(duplex-specific nuclease)的特性构建线性化cDNA质粒文库.,经检测文库约含有5.3×10~7重组子.扩增后的文库含有10~(11)以上重组子.文库的插入cDNA长度为0.5-2.5kb.重组率大于98%.从构建的文库中随机挑取5 202个克隆进行大规模EST测序,获得3 346条ESTs,其中长度大于100bp的高质量ESTs 2 697条.经拼接与软件分析,2 697 ESTs代表了2 522个Unigenes,包括2 355个Singlets和167个Contigs,冗余率6.49%.EST序列经生物信息学分析(BLASTX,e<10~(-6)),发现了Sty-like protein C、Sox14 protein、Sox4b、sex-determining protein fem-1、vitellogenin、vitellogenin receptor、cvcl.n A、cathepsin C和cyclin-dependent kinase 2等与性别分化和性腺发育相关的基因,以及热休克蛋白家族、泛素系统、抗氧化防御体系和抗病相关的功能基因.该义库具有较高的质量和利用价值,可为更大规模EST分析及采用基因芯片技术开展锯缘青蟹性腺发育及性别分化相关功能基冈的研究奠定基础.