β-环糊精和甾类化合物的分子动力学模拟

• 作者: 姚雪霞
• 来源期刊: 化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: MM-PBSA 分子动力学 β-环糊精 甾类化合物
• 年，卷（期）: 2009,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1318-1324
• 页数: 7页
• 分类号: O6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0567-7351.2009.12.007

摘要

运用分子动力学(molecular dynamics,MD)和MM-PBSA(molecular mechanics/Poisson Boltzmann surface area)相结合的方法预测了β-环糊精(cyclodextrin,CD)和甾类客体分子包结模式.通过重原子均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)分析可得,两种包结模式下客体分子都可以和β-CD形成稳定的包结.在MD轨迹采样基础上,采用高效MM-PBSA方法计算了两种包结模式下的包结自由能.计算结果显示,β-CD和三个甾类客体分子包结的主要驱动力为范德华相互作用,而溶剂化能和熵变则不利于体系的包结.进一步分析平均构象和包结自由能发现,对于波尼松龙,D-up(D-ring up orientation)取向为优势包结模式;而乙炔雌二醇和雌三醇的优势包结模式均为A-up(A-ring up orientation)取向.通过比较β-CD和三个客体分子的理论包结自由能,预测包结稳定性的次序为乙炔雌二醇＞雌三醇＞波尼松龙,和实验结果相一致.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姚雪霞	南京农业大学工学院	23	64	5.0	7.0