大豆EST序列长度与SSR特性的关系

• 作者: 林毅 樊洪泓 盛新颖 蔡永萍 詹少华
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 表达序列标签 EST-SSR 序列长度 重复基元
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 204-209
• 页数: 6页
• 分类号: S565.1
• 字数: 3419字
• 语种: 中文

摘要

为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20 183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400 bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400 bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%.二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12 hp,13.35%长度大于20 hp.推断NCBI大豆EST数据库中含有12 3527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡永萍	安徽农业大学生命科学学院	167	2775	29.0	45.0
2	林毅	安徽农业大学生命科学学院	139	2078	27.0	38.0
3	樊洪泓	安徽农业大学生命科学学院	42	540	13.0	22.0
4	盛新颖	安徽农业大学生命科学学院	5	48	4.0	5.0
5	詹少华	皖四学院化学与生命科学系	1	17	1.0	1.0