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BtuC-POPC脂膜体系的分子动力学模拟
BtuC-POPC脂膜体系的分子动力学模拟
作者:
刘明
孙庭广
王存新
陈慰祖
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
BtuCD
POPC脂膜
功能性运动
主成分分析
摘要:
大肠杆菌的维生素B<,12>转运蛋白(BtuCD)属于ATP结合盒转运蛋白,目前对BtuCD转运底物进入胞质内的确切机制仍不清楚.本研究将BtuCD的跨膜结构域BtuC插入棕榈酰油酸磷脂酰胆碱(POPC)双层膜中,通过MD模拟来研究BtuC的功能性运动.通过超过57 ns的MD模拟得到了稳定的蛋白质-脂双层膜体系.模拟结果发现,POPC双层膜能够调整其厚度以适应其中的BtuC.反映脂双层膜性质的两个参数,即每个脂分子的面积和脂双层膜厚度,均与实验测得数据吻合.通过对从MD模拟提取的轨迹进行主成分分析(PCA),使得能从原子水平上了解BtuC的几种主要运动模式.结果表明,尽管BtuC的几种主要运动模式各不相同,却都实现了跨膜通道维度的改变,控制通道开口的打开和闭合.这些BtuC运动模式和与其相互作用的BtuF和BtuD的功能性运动很好的偶合.BtuC的运动主要体现在周质一侧的区域,控制跨膜通道在该侧开口的大小.MD模拟过程中,这一侧开口可以比晶体结构反映的"开放"状态更开放.在胞质一侧,并未观察到通道开口的明显变化.意外的是,尽管BtuC两个结构域具有相同的序列和类似的高级结构,但它们在运动上却有明显差异.这些结果有助于在原子水平上理解底物的转运机制.
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篇名
BtuC-POPC脂膜体系的分子动力学模拟
来源期刊
中国科学C辑
学科
关键词
BtuCD
POPC脂膜
功能性运动
主成分分析
年,卷(期)
2009,(6)
所属期刊栏目
论文
研究方向
页码范围
567-578
页数
12页
分类号
字数
语种
中文
DOI
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刘明
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POPC脂膜
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研究来源
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主办单位:
中国科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7232
CN:
11-5840/Q
开本:
出版地:
北京东黄城根北街16号
邮发代号:
创刊时间:
语种:
chi
出版文献量(篇)
2757
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7
总被引数(次)
26341
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英文译名:
Natural Science Foundation of Beijing Province
官方网址:
http://210.76.125.39/zrjjh/zrjj/
项目类型:
重大项目
学科类型:
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
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青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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英文译名:
官方网址:
http://std.nankai.edu.cn/kyjh-bsd/1.htm
项目类型:
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