质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法

• 作者: 刘扬 邹权 郭茂祖
• 来源期刊: 南京大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构 茎 区 质心 D函数 生物信息
• 年，卷（期）: 2009,（5）
• 所属期刊栏目: 数据挖掘及应用专栏
• 页码范围: 677-688
• 页数: 12页
• 分类号: TP301
• 字数: 8800字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0469-5097.2009.05.015

摘要

RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题.目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入,仅根据输入的序列预测其二级结构.这样做丢失了待测RNA的类别信息,进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性.在实际的生物学研究中,对于关心二级结构的RNA,其类别往往是已知的.本文提出一种新的RNA二级结构预测思路:结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构.这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA.该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠.为此本文首次提出了茎区的"质心"和"质心距"的概念,并且给出了一个结合了Hopfield网络和类别信息的RNA二级结构预测算法.实验表明本文提出的方法在所测试ncRNA分子上效果好于目前的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘扬	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	45	333	10.0	17.0
2	郭茂祖	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	77	1227	20.0	33.0
3	邹权	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	7	125	4.0	7.0