基于大规模序列比对软件的并行优化方案

• 作者: 牛北方 郭新
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 并行优化 EST序列库 分割部署
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 所属期刊栏目: 软件技术与数据库
• 页码范围: 91-93
• 页数: 3页
• 分类号: TP311
• 字数: 2873字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2009.03.032

摘要

基于基因电脑克隆软件SiClone和可变剪接分析软件AltSplice的并行优化工作,提出一种基于大规模序列比对软件的并行优化方案.该方案对所要进行比对分析的大规模序列库按某种策略进行分割部署,使机群中每个节点处理整个序列库的一部分,可有效减少磁盘I/O和节点间通信开销,适合低价高效的Linux机群系统.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭新	北京城市学院计算机实验教学中心	8	31	4.0	5.0
2	牛北方	中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心	5	10	2.0	3.0