大熊猫9个BAC的测序、注释和进化分析

• 作者: 李建文 李波 林润茂 王俊 王晓玲 田凤 蔡晶 郑杨
• 来源期刊: 中国科学C辑
• 关键词: 大熊猫 BAC文库 Sanger测序 组装 注释 进化
• 年，卷（期）: 2009,（10）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 933-939
• 页数: 7页
• 语种: 中文

摘要

本文构建了相当于大熊猫10倍基因组覆盖度的BAC文库,并随机挑选了其中9个BAC进行测序和组装,9个BAC的选择满足更多基因更少重复序列的原则.这9个BAC的组装将为评估基于新一代Illumina GA测序技术的大熊猫全基因组测序及组装的准确性提供有效资源.运用同源比对和从头预测的方法,对9个BAC,共约878 kb的序列进行了基因和重复序列的注释以及进化分析.一共预测到12个蛋白编码基因,其中,7个基因匹配到同源基因的功能注释.这7个基因平均大小约41 kb,编码区平均大小约1.2kb,每个基因平均约含6个外显子.同时预测到7个tRNA基因.大约27%的序列被注释为重复序列.同时,基于邻接法,构建了包含人、小鼠、狗、猫以及大熊猫5个物种的物种进化树,结果显示狗的基因与其他4个物种相比距大熊猫最近.本实验结果提供了大熊猫9个BAC的详细序列及注释信息,为对大熊猫的研究提供了数据资源.