Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析

• 作者: MURPHY Robert 孙铮 张宪省 马亮 黄大卫
• 来源期刊: 中国科学C辑
• 关键词: Wolbachia pipientis wMel 密码子使用 对应分析 关联突变
• 年，卷（期）: 2009,（10）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 948-953
• 页数: 6页
• 语种: 中文

摘要

本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式,并推测影响其密码子组成的因素.选择了478条蛋白编码基因作为研究对象,它们的G-C含量比较低,约0.282～0.432.本研究结果显示,关联突变(context-dependent mutation)是影响W.pipientis wMel基因组密码子组成的主要因素.同时,Nc-Plot曲线显示,基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性(nucleotide composition bias)的影响.对应分析的结果显示,基因长度(R=0.123,P<0.01)和基因表达水平(R=-0.312,P<0.01)也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用.因此,关联突变、核苷酸组成,基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性.Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性,而且现在已有报道说明它们有共同的起源,但仍需进一步验证.