最短路径法在水稻ABA和环境胁迫条件下基因应答网络研究中的应用

• 作者: 修乃华 周杰 张晓鹏 钟扬 陈凡 黄智星
• 来源期刊: 植物学报
• 关键词: 基因注释 微阵列 最短路径 过渡共表达
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 159-166
• 页数: 8页
• 分类号: Q94
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-3466.2009.02.003

摘要

目前微阵列数据分析方法都基于具有相似表达模式的基因可能具有相近的生物学功能这一假设,而实际上参与同一生物学功能的基因,在表达时间和空间上是有关联的,而并非表现为相似模式.利用水稻cDNA微阵列,对水稻在ABA及干旱、寒冷和高盐胁迫条件下的基因表达进行了研究.选取环境胁迫和ABA应答的相关基因,采用最短路径法(shortest path),利用自行编制的计算软件,在表达模式不直接相关的基因之间构建最短路径.研究表明,通过分析这些基因的表达数据,可以发现它们在功能上的关联性,并对未知基因的功能预测进行了探索,为构建水稻在ABA和环境胁迫条件下的分子应答网络奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	修乃华	北京交通大学应用数学系	20	74	4.0	8.0
2	陈凡	中国科学院遗传与发育生物学研究所	20	246	10.0	15.0
3	钟扬	复旦大学生命科学学院	45	771	13.0	27.0
4	张晓鹏	中国科学院遗传与发育生物学研究所	31	371	7.0	19.0
5	黄智星	北京交通大学应用数学系	8	69	3.0	8.0
6	周杰	复旦大学生命科学学院	3	2	1.0	1.0