基于互信息的差异共表达致病基因挖掘方法

• 作者: 卢光明 张志强 张焕萍 王惠南 钟元
• 来源期刊: 东南大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 互信息 最大团 差异共表达致病基因
• 年，卷（期）: 2009,（1）
• 页码范围: 151-155
• 页数: 5页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3433字
• 语种: 中文

摘要

为了挖掘基因表达数据中的差异共表达致病基因模块,提出了基于互信息和最大团相结合的方法.互信息用于度量基因表达谱之间的相互关系,计算任意2条基因表达谱在2种不同样本中的互信息值,得到2个互信息矩阵M1和M2,选定2个阈值T1和T2(T1T2)将矩阵M1和M2二值化,并通过M1和M2中元素的逻辑"与"运算得到图的邻接矩阵,从邻接矩阵挖掘出的最大团则为差异共表达致病基因模块.将该方法应用于Colon数据,选定T1=2.2,T2=1.0,得到6个相互重叠的最大团,实验结果表明,该方法能有效挖掘出差异共表达致病基因模块.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王惠南	南京航空航天大学生物医学工程系	170	1536	20.0	30.0
2	卢光明	南京军区南京总医院医学影像科	398	3897	27.0	38.0
3	张焕萍	南京航空航天大学生物医学工程系	5	33	3.0	5.0
4	张志强	南京军区南京总医院医学影像科	84	669	14.0	19.0
5	钟元	南京航空航天大学生物医学工程系	13	108	6.0	10.0