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信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点
信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点
作者:
吴磊
张银霞
杜江峰
武永军
陶士珩
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
miRNA
保守性
信息熵
前体
进化
碱基关联性
摘要:
为了寻找miRNA连续序列上的位点保守性和碱基关联性的证据,本研究通过信息熵分析研究了一些已报告的miRNA和它们前体上的一些重要位点.根据miRNA的来源(动物、植物和病毒)和序列在miRNA前体上的位置(头部和尾部),把得到的数据分为12组.然后通过计算单个碱基信息的冗余度(D1(L)和相邻碱基相关信息冗余(D2(L))的方法来分析这些数据.研究结果表明D2(L)比D1(L)含有更多的信息,尽管在各个组里面D1(L)和D2(L)值的变化基本呈正相关.病毒的前体miRNA比来源于动物和植物的前体miRNA在这些关键位点上更具有保守性.另外,和其他碱基相比,U在所研究的位点中占有很大比例.研究发现在一些组的中间位点(即Dicer酶在前体miRNAs上的剪切位点)十分保守.这个现象表明保守性在miRNAs的成熟过程中很重要,而且可能参与了Dicer酶的识别和剪切过程.以上这些结果从另外一个角度理解了miRNA前体的一级结构.
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篇名
信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点
来源期刊
中国科学C辑
学科
关键词
miRNA
保守性
信息熵
前体
进化
碱基关联性
年,卷(期)
2009,(4)
所属期刊栏目
论文
研究方向
页码范围
420-428
页数
9页
分类号
字数
语种
中文
DOI
五维指标
作者信息
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姓名
单位
发文数
被引次数
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武永军
23
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8.0
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2
陶士珩
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3
吴磊
12
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杜江峰
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保守性
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研究来源
研究分支
研究去脉
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中国科学(生命科学)
主办单位:
中国科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7232
CN:
11-5840/Q
开本:
出版地:
北京东黄城根北街16号
邮发代号:
创刊时间:
语种:
chi
出版文献量(篇)
2757
总下载数(次)
7
总被引数(次)
26341
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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