基于组合探针识别的大规模细菌分类16SrRNA基因芯片设计

• 作者: 伯晓晨 余光创 刘辉 吴一波 孙汉昌 王升启 谢红卫 颜莉蓉
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 16SrRNA 基因芯片 组特异性探针
• 年，卷（期）: 2009,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1025-1034
• 页数: 10页
• 分类号: Q61|Q93
• 字数: 1782字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00812

摘要

随着16 SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢红卫	国防科学技术大学机电工程与自动化学院	51	353	11.0	16.0
2	颜莉蓉	广州军区武汉总医院信息科	12	60	4.0	7.0
3	孙汉昌	国防科学技术大学机电工程与自动化学院	3	12	2.0	3.0
4	刘辉	国防科学技术大学机电工程与自动化学院	4	49	3.0	4.0
5	吴一波	国防科学技术大学机电工程与自动化学院	2	7	2.0	2.0
6	伯晓晨	事医学科学院放射与辐射医学研究所	1	5	1.0	1.0
7	余光创	事医学科学院放射与辐射医学研究所	1	5	1.0	1.0
8	王升启		1	5	1.0	1.0