TPM:基于Taverna的PCR引物设计与评估工作流系统

• 作者: 屈武斌 张成岗 李稚锋 杨毅 杭兴宜 申志勇
• 来源期刊: 四川大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 MFEprimer 引物设计 引物评估 Taverna 工作流
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1685-1690
• 页数: 6页
• 分类号: Q811
• 字数: 3364字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2009.06.022

摘要

PCR引物设计是PCR实验中关键而重要的一步,而引物的特异性情况直接影响着PCR实验的成败. 首先,设计了基于多因素(序列相似性,引物3′末端自由能,Tm等)的PCR引物特异性评估工具-MFEprimer;其次,在MFEprimer的基础上,结合引物设计软件primer3,在Taverna工作流平台上构建了PCR引物设计(primer3)与评估(MFEprimer)一体的工作流系统-TPM(Taverna-Primer3-MFEprimer),实现了从引物设计到评估的自动化分析流程,使用简单方便.