大豆EST资源的SSR信息分析

• 作者: 张礼凤 戴海英 李伟 陈相艳
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 EST SSR 频率 特性
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 394-399
• 页数: 6页
• 分类号: S565.1
• 字数: 2328字
• 语种: 中文

摘要

微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中.为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394 370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到全长为51 332.21 kb的无冗余EST 80 735条.在这些序列中搜索出7 754个SSR,分布于6 674条EST中,出现频率是8.27%.这些EST-SSR的平均长度为15.26 hp,平均分布频率是1/6.62 kb.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(43.72%),其次是二核苷酸(37.34%)、单核苷酸(15.92%).AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的62.83%和25.22%.本研究为开发多态性大豆微卫星标记提供了候选序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴海英	山东省农业科学院作物所	37	344	10.0	17.0
2	张礼凤	山东省农业科学院作物所	55	651	14.0	24.0
3	李伟	山东省农业科学院作物所	48	520	13.0	21.0
4	陈相艳	山东省农业科学院办公室	59	415	13.0	16.0