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摘要:
本研究以非模式昆虫小菜蛾 plutella xylostella 为材料,对比2,3,4龄幼虫的蛋白质组双向电泳图谱,得到24个蛋白质差异点,从中选取了编号为1111的差异表达蛋白质点进行质谱鉴定和生物信息学分析.采用胶内酶解的多肽进行MALDI-TOF/TOF分析,获得该点的肽质量指纹图谱(PMF)及串联质谱(MS/MS)图谱.将获得的PMF分别用MASCOT和ProFound等常用软件在NCBInr的Metazoa蛋白质数据库进行搜索,匹配结果不理想.进一步用PMF+MS/MS谱图搜索NCBInr的 Metazoa蛋白质数据库,以及小菜蛾EST数据库.在NCBInr库中匹配结果为拟暗果蝇 Drosophila pseudoobscura 中的一种假定蛋白GAl8218-PA,而用EST库搜索的结果为家蚕Bombyx mori的ATP合酶的亚基.为验证搜索结果,将该蛋白质点进行磺基异硫氰酸苯酯(SPITC)化学衍生后de novo测序,最后确认该点可能为ATP合酶的一个亚基.最后着重讨论了蛋白质的质谱鉴定与生物信息学分析的联合使用,希望据此选择出最适合于非模式昆虫蛋白质组学鉴定的方法.
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文献信息
篇名 基于质谱和生物信息学分析的小菜蛾蛋白质鉴定
来源期刊 昆虫学报 学科 生物学
关键词 小菜蛾 蛋白质 肽质量指纹图谱 串联质谱 de novo测序 生物信息学
年,卷(期) 2009,(11) 所属期刊栏目 生理与生化
研究方向 页码范围 1206-1212
页数 7页 分类号 Q966
字数 6055字 语种 中文
DOI 10.3321/j.issn:0454-6296.2009.11.005
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 尤民生 福建农林大学应用生态研究所 170 3382 30.0 48.0
2 谢苗 福建农林大学应用生态研究所 23 316 12.0 17.0
6 杨广 福建农林大学应用生态研究所 53 845 16.0 27.0
7 成娟 福建农林大学应用生态研究所 1 6 1.0 1.0
8 蔡敬轩 福建农林大学生命科学学院 1 6 1.0 1.0
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研究主题发展历程
节点文献
小菜蛾
蛋白质
肽质量指纹图谱
串联质谱
de novo测序
生物信息学
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
昆虫学报
月刊
0454-6296
11-1832/Q
16开
北京市朝阳区北辰西路1号院5号中国科学院动物研究所
1950
chi
出版文献量(篇)
3602
总下载数(次)
9
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
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