基于质谱和生物信息学分析的小菜蛾蛋白质鉴定

• 作者: 尤民生 成娟 杨广 蔡敬轩 谢苗
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 小菜蛾 蛋白质 肽质量指纹图谱 串联质谱 de novo测序 生物信息学
• 年，卷（期）: 2009,（11）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 1206-1212
• 页数: 7页
• 分类号: Q966
• 字数: 6055字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0454-6296.2009.11.005

摘要

本研究以非模式昆虫小菜蛾 plutella xylostella 为材料,对比2,3,4龄幼虫的蛋白质组双向电泳图谱,得到24个蛋白质差异点,从中选取了编号为1111的差异表达蛋白质点进行质谱鉴定和生物信息学分析.采用胶内酶解的多肽进行MALDI-TOF/TOF分析,获得该点的肽质量指纹图谱(PMF)及串联质谱(MS/MS)图谱.将获得的PMF分别用MASCOT和ProFound等常用软件在NCBInr的Metazoa蛋白质数据库进行搜索,匹配结果不理想.进一步用PMF+MS/MS谱图搜索NCBInr的 Metazoa蛋白质数据库,以及小菜蛾EST数据库.在NCBInr库中匹配结果为拟暗果蝇 Drosophila pseudoobscura 中的一种假定蛋白GAl8218-PA,而用EST库搜索的结果为家蚕Bombyx mori的ATP合酶的亚基.为验证搜索结果,将该蛋白质点进行磺基异硫氰酸苯酯(SPITC)化学衍生后de novo测序,最后确认该点可能为ATP合酶的一个亚基.最后着重讨论了蛋白质的质谱鉴定与生物信息学分析的联合使用,希望据此选择出最适合于非模式昆虫蛋白质组学鉴定的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	尤民生	福建农林大学应用生态研究所	170	3382	30.0	48.0
2	谢苗	福建农林大学应用生态研究所	23	316	12.0	17.0
6	杨广	福建农林大学应用生态研究所	53	845	16.0	27.0
7	成娟	福建农林大学应用生态研究所	1	6	1.0	1.0
8	蔡敬轩	福建农林大学生命科学学院	1	6	1.0	1.0